从目前的情况看，土地要素的市场配置情况仍有诸多令人不满意的方面。比如说，城市和农村的土地配置依然是二元结构，而且农村远远落后于城市。农村土地必须依靠征用后才能成为国有土地，才能够流动。现在实际上只有城市土地有市场可言，农村土地并没有市场。农村土地如何解决进入市场的问题已经提出了很多年，但是进步一直很小。
阻力当然是多方面的，其中地方政府就是最大的阻力。从目前的情况看，大多数地方政府是不支持的。因为要解决这个问题，就要改变目前的征地制度。如果征地制度改变了，地方政府可能就会失去对农地转为建设用地收益的控制权，而现阶段地方政府对这部分收益是非常看重甚至是具有很强的依赖性的。如果失去甚至会改变政府的收入模式，也会带来其他更多经济和社会方面的问题。一些大的行业也不希望改变这种模式，比如铁路部门、水利部门、公路建设部门，以及城市房地产投资开发者，他们担心，如果采取市场化的方式供应农地，必然会增加经营的成本。仔细考察我们的农地使用制度，事实上完全是按照城市既得利益者的立场与需求设计的，这当然与所谓的发展初期农业支持城市发展的理论有关。但是，就中国现在的发展阶段看，这种理论不可以再继续支撑下去了，我们应该有所改变。
这种二元结构带来了很多畸形的现象。比如由于农村土地价格远远低于城市土地价格，政府为了牟取差价利用征地政策大量征用土地，最后使得大量农地被占用。在一些城市周边，原有的基本农地已经不复存在(按照国家的法律 ，即使是依法占用后，也应该在别的地方建立同质同量的新的基本农地，但事实上很多所谓的补充农地根本就没有落实).
又比如，农民由于没有获得较高的征地补偿，经常出现上访，也有的农民是因为自己的土地没有被征用，失去了获得土地收益的机会而告状的。总之，由于农地与建设用地价格的巨大差异，形成了很多矛盾，对社会稳定带来了严重的负面影响。还有与此相关的是，不少政府官员通过控制农地转为建设用地的交易进行寻租并牟取暴利，这种现象屡见不鲜。但是，对于市场经济而言，最大的问题就是不能依据农村和城市土地交易成本最低原则进行配置，既浪费资源也很不经济，并且影响到了整个社会经济的发展。
第二个不能令人满意的是，城市土地市场结构不合理，政府主导、过于集中。按照法律和政策设计，除了土地出让市场之外，还有转让市场，但事实上转让市场几乎是不存在的，政府对土地市场具有很强的控制力量。一是因为政府利用土地征收制度和土地储备制度，将土地集中在自己的手中，所谓一个龙头进水，一个龙头出水。土地使用者几乎没有渠道从第三方获得土地，所以无从转让。二是政府对土地的转让有严格的限制，即使有土地也很难转让出去。
这种状况导致土地市场供需各方力量不能够均衡，容易出现大起大落的情况。有时候是土地供不应求，出现众人抢地的现象；而有时则是供大于求，供地遭到冷遇。这当然有其他大的市场供需背景的原因。只有政府一方供地，理论上政府可以根据实际情况决定供地的数量，但是，由于单一的供给主体完全缺乏对市场需求的判断及调整能力，也没有调整供给的动力，所以要达到一个很好的市场配置效果几乎是不可能的。
第三个问题是，我们的市场缺乏一个利益调整的机制。市场是受利益牵引的，利益均衡则市场均衡，土地市场也是一样。但是回看我们的土地市场，在政府、利益集团、土地最终使用者(比如购房者、企业业主)、农民等方面，在利益上是没有得到很好的平衡的。被征地农民失地失利、城市居民购买不起房屋、企业主因为房租过高而不能盈利的情况在我国已经非常普遍了，但是另一方面，政府和利益集团成为了土地利益的最大赢家。首先是缺乏一个土地反垄断机制。
整体上看，土地市场的权利基本上控制在政府和相关利益集团手上，并形成一种垄断力量。比如政府对土地出让市场的垄断，房地产开发集团对购买土地和房屋开发的垄断，使一般公众几乎没有购买土地的权利，因而也就没有获利的权利。其次是缺乏系统的税收机制。在均衡的市场条件下，要依靠税收来调整利益的不平衡。但是我国的土地税收体系并没有完全建立起来和发挥作用。比如土地增值税，它可能适用在土地流转的各个环节，如征地过程中，或者是土地出让过程中，还可以是土地转让中，但是很遗憾，我们只是在转让的过程中适用土地增值税。由于土地增值税的缺失，土地在流转过程中价格缺乏一个平衡器，可能带来畸高或者畸低的现象，影响市场的稳定。
再如土地财产税，或者称为不动产税，到目前为止仍然没有建立起来。土地财产税的主要目的是解决政府在土地方面获取收益的途径，如果有了，可以大大减缓政府卖地的动力，同时还能对土地囤积和大规模占用进行调整，有利于提高土地的市场配置效率和土地的合理使用。
土地市场如何进一步深化改革，而不仅是完善操作层面上的事情，要跳上一个更高的平台，从配置要素、资源，以及调整利益出发，融入到整个经济体系中去，还有很长很长的路要走，任重而道远。
(责任编辑：DF143)
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