琴原本有出现在片中
据台湾媒体报道，《金刚狼3》上映后票房和评价皆开出红盘，也有不少影迷讨论本集有没有和过去的《X战警》系列电影几处有所关连，导演詹姆斯·曼高德（James Mangold）近来受访时便透露，金钢狼的爱人“凤凰”琴其实原本有出现在其中一幕，但是因为觉得“太过黑暗”而选择删除该片段。
本片比起过去2集多了点对于人生的体会、放下，不少片段更让观众忍不住红了眼眶，其中，金刚狼一行人因为在公路上帮忙曼森一家人而受邀到对方家中享用晚餐，在饭桌上聊天、分享生活，气氛相当温馨，此时女主人便问罗根结婚了吗？X教授便代为回应：“是的，但是他杀了她。”接着开始描述琴的一生，当然依照先前《X战警》系列的剧情，小俩口最后是没有结婚，而他亲手杀了挚爱，应该是指《X战警：最后战役》的结尾。
对此，导演认为这段有点突兀，好不容易有个喘息的空间，不应该再置入如此黑暗、痛苦的桥段，直言“连我思想都比较负面的人都觉得有点太多了”，所以才会选择剪掉，不过之后会将其收录在DVD里，想收藏的影迷可以先准备钱包。
此外，在片尾劳拉（X-23）把罗根埋葬时，将墓地上的十字架斜摆成“X”的样子，导演表示这个画面灵感来自于很久之前的漫画封面《The Uncanny X-Men》，上头可以看到金钢狼被绑在X形状的木架上，“我不想把这个当作十字架，不想让他被钉起来”。也有大批网友认为这幕是在向X战警们致敬，让不少忠实粉丝相当感动。
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